前置きしておきますと、見栄えを完全にCSSで制御しているのなら、ユーザースタイルシートで何とでもなるため、マージンをどう取ろうと問題にはなりません。ただ「WWWメディア対応のスタイルシート」を目指すなら、左右のマージンは出来る限り小さくしておきたいところです。
まず、私のように少ない文字数で折り返しされていると読みづらいという人もいます。というか、どの程度が読みやすいかは個人差があるのですから、それぞれが適当なウィンドウサイズにすることによって読みやすい折り返し文字数を簡単に調整できた方が良いのです。それができるのがウェブページですから。
次に、その文書の概観を掴みたいときがあります。この時どうするかといえば、自分の環境で実現できる最大のウィンドウ幅を利用して、一度に視界に入ってくる段落の冒頭や見出しを可能な限り多くさせます。この場合、左右マージンは邪魔以外の何物でもありません。これについては闇黒日記の平成13年12月22日の記事が参考になると思います。
私も以前は糞真面目に一字一句読んでいたのですが、最近は飛ばし読み
というものの重要性をひしひしと感じています。時間は変わらないのに読むものが多くなったからでしょうか。あるいは既知の事柄が増えた為かもしれません。知っていることをくどくど説明している文章は読み飛ばしたいのです。
闇黒日記の平成13年12月23日の記事を見ると、「左右マージンが少ないと心理的な圧迫感が増す」という問題もあるようですが、ウェブページデザイン（CSSのデザイン）は、ウェブの特性を最大限活かすべきです。従って、そのような「圧迫感」は、別のデザイン要素でカバーするよう努めるべきでしょう。そこが、腕の見せ所というやつなのではないでしょうか。
因みに私の場合、文章に集中している時には、左右マージンが小さくても圧迫感を感じることはありません。ところが、スタイルシートをスタイルとして眺めてみた時、圧迫感を感じることがあります。文章を読みにきた閲覧者を対象にするのか、スタイルを眺めにきた閲覧者を対象にするのか、あるいは、どちらにも満足してもらいたいのか。その辺りで適切な幅が決まるのかなと思っています。
詩など、通常一字一句読むようなコンテンツや、独特の修辞で「読ませる」タイプの「ネタ」などは例外です。ウェブ日記などもどうでしょう。何か特定の目的をもった閲覧者を想定しないタイプの「日記」は、左右マージンを小さくする必要があるかどうか、疑わしいものがあります。しかし、RSSや一部のアンテナ等で何が書かれているかを確認してから読みに行く、という目的志向の閲覧者（私含む）がいないとは限りませんから、長文が多くなる日記では やはり左右マージンは小さくしておいて良いと思います。