idは、要素の名前という性質と、要素の相対URIの性質を持っていると思う。前者の意味からすると、複数文書内で同じIDが違う意味で用いられるのは望ましくない。例えばCSSはidを名前として扱っていて、複数文書にまたがるidに区別が無いのであるが、相対URIとして用いた場合、その要素が属するHTML文書のURIに加える形なり、複数文書間でも異なる絶対URIを持つことになる。
結局は、どちらの用途にも通用するようにid名は唯一のものであるべき。